高似孫《緯略》載：「光編集《通鑑》，有一事用三四出處纂成者。」《通鑑考異》用以說明史料取捨的原則和考證過程，遇年月、事跡有不同之處，均詳加考訂，並註明取捨的原因，「其中事同文異者，則請擇一明白詳備者錄之，彼此互有詳略，則請左右採獲，錯綜銓次，自用文辭修正之，一如《左傳》敘事之體也。此並作大字寫。若彼此年月者，修入正文，余者注于其下，仍為敘述，所以取此舍彼之意。先注所舍者云某書云云，今按某書証驗云云，或無証驗，則以事理推之云云，今從某書為定；若無以考其虛實是非者，則云今兩存之。其《實錄》正史未必皆可據，雜史小說未必皆無憑，在高鑒擇之。」意在「辨正謬誤，以祛將來之惑」。又如陳壽《三國志》記周瑜之死，未記明確年代，《通鑑》卷六六載，獻帝建安十五年，周瑜卒於巴丘。《通鑑考異》曰：「按，《江表傳》，瑜與策同年，策以建安五年死，年二十六，瑜死時年三十六，故知在今年也。」

《通鑑考異》為了考證薛仁果抑或薛仁杲之名，依據校正新、舊《唐書》等中人名的訛誤，又兼以昭陵六駿的銘文：

清代《四庫全書總目》評《通鑑考異》：

張煦侯《通鑑學》一書將司馬光的考異方法歸納為六類：參取眾書而從長者、兩存者、兩棄者（即皆不取）、兩疑而節取其要者、存疑者、兼存或說于《考異》中者。

近代史家陳寅恪認為司馬光的「長編考異法」源自魏晉的佛經「合本子注」，所謂「裴世期之注《三國志》，深受當時內典合本子注之薰習，此蓋吾國學術史之一大事。而後代評史者，局于所見，不知古今學術系統之有別流，著述體裁之有變例，以喜聚異同，坐長煩蕪為言，其實非也。」