南宋紹興元年（1131年）十月，自試戶部尚書轉任參知政事。十一月，宋高宗命他為福建、江西、湖南宣撫使。紹興二年（1132年）七月，在鎮壓諸路農民起事後，擔任通議大夫。八月，轉任權同都督江、淮、荊、浙諸軍。紹興四年（1134年）十月，宋高宗和金朝作戰，拜孟庾為行宮留守。紹興五年（1135年）轉任左通奉大夫，提領總制局兼知樞密院事。因病請求去職，宋高宗同意，七月，孟庾罷職。紹興六年（1136年）七月，宋高宗命孟庾提舉萬壽觀、行宮同留守，到尚書省治事。紹興八年十一月，知嚴州（今浙江省建德市）。