明熹宗天啟二年（1622年），王錫袞中進士，改庶吉士，授為翰林院檢討。崇禎時，為少詹事。崇禎十三年（1640年），官至禮部右侍郎。次年，為禮部左侍郎。他上書請崇禎帝罷黜東廠，免徵三餉，南直隸、浙江人才興盛，他希望增加中舉名額。後任吏部尚書，入值講經筵。崇禎十六年（1643年），丁憂回鄉。隆武元年（1645年），隆武帝徵召他為禮部尚書兼東閣大學士兼兵部右侍郎，總督雲、貴、川、湖、廣五省軍務。永曆帝即位，繼續徵召他為禮部尚書兼東閣大學士。但是沒有入朝。土酋沙定洲作亂，黔國公沐天波逃跑，沙定洲佔據雲南府昆明縣。王錫袞死難。