金祚個性勇猛威武，崇尚俠義氣慨。北魏正光年間六鎮之亂，朝廷下詔雍州刺史元志討伐，元志招募良家子弟從軍擔任軍事嚮導，金祚獲選。之後他以軍功累遷太中大夫，屬元天穆麾下平定邢杲，再升任龍驤將軍、靈州刺史和涇州、岐州刺史。高歡舉事抵抗爾朱天光，爾朱天光帶領爾朱仲遠關右部眾抵抗，而金祚留在東秦，爾朱天光失敗後曾一度歸附高歡，授官車騎大將軍。大行台賀拔岳推薦他擔任東雍州刺史，命令他在百頃攻打仇池楊紹先，惟賀拔岳在他未回來時就被所殺。金祚打敗仇池後曾不知去向，高歡派侯景慰諭他才回來，封爵安定縣公。

其後他隨魏孝武帝到鄴城，宇文泰授他官為兗州刺史，歷任太僕卿、衛尉卿，不久除授東北道大都督、晉州刺史，入據東雍州，遭尉景打敗，金祚投降東魏。邙山之戰，他擔任大都督擊敗西魏，除授華州刺史，到北齊建立後加開府儀同三司，封爵臨濟縣子，逝世後贈官司空公。

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