萬曆三十六年（1608年），其子何九轉病故，媳婦王承靜自盡殉節，何喬遠精神受到嚴重打擊，開始撰述《閩書》。萬曆四十八年（1620年）成書。

《閩書》一書分二十二門，即《分野》、《方域》、《建置》、《風俗》、《版籍》、《扞圉》、《前帝》、《君長》、《文蒞》、《武軍》、《英舊》、《方技》、《宦寺》、《方外》、《閨閣》、《島夷》、《靈祀》、《祥異》、《萑葦》、《南產》、《蓄德》、《我私》。由於《閩書》體例的獨特性，引發不少爭議，特別是不為朱熹立世家，不為當時官員所喜。崇禎元年（1628）三月，熊文燦出任福建巡撫，對《閩書》有興趣，「以師之志，不異乎聖人」，決定資助其出版，並要求何氏補寫萬曆四十四年至萬曆四十八年之事跡。崇禎二年，終於完成所有補修工作，得以刊印，共一百五十卷。

清朝康熙二十三年（1684年），鄭開極《福建通志》即承襲于《閩書》。

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