初任征東將軍，曾隨父石虎消滅前趙。叔祖父石勒在位時，任冀州刺史、武衛將軍等，封齊王。石勒以子石弘為太子，中山王石虎怒，秘密對石邃說：「我親冒矢石隨主上征戰二十餘年，是成大趙之業者，應該做大單于，主上卻授予『黃吻婢兒』，想起來就令人氣塞，不能寢食！待主上晏駕之後，我不會給他留種。」石弘在333年繼位後，石虎為丞相、魏王、大單于，掌握朝政大權，立石邃為魏太子，授任使持節、侍中、大將軍等。

335年，大丞相遷都鄴城，廢石弘自立，未稱帝而稱天王，立石邃為皇太子。石邃素來驍勇，石虎很寵愛他。大臣們對石邃當上太子很不滿，石虎卻說：「司馬氏父子兄弟自相殘殺，所以朕得以有今天。石邃對朝廷頗有忠心，朕豈有殺忠臣的道理呢！」石邃因此更加驕縱跋扈。石邃自從總領百官之後，酒色過度，驕縱無道，荒淫殘忍，有時去田獵遊樂，鼓樂齊鳴地返回宮中，有時夜出到宮臣家中，姦淫他們的妻妾。喜歡將美麗的姬妾裝飾打扮起來，然後砍下頭顱，洗去血跡，放在盤裡，與賓客們互相傳遞觀賞。宮內有姿色的尼姑，石邃與其交歡淫亂後再殺了她們，與牛羊肉和在一起煮著吃，並且把肉賞給左右的人共同品嘗，想讓他們知道人肉的滋味。石邃的弟弟河間公石宣、樂安公石韜都受到石虎的寵愛，石邃對他們恨之如仇敵。石虎沉溺于酒色和宮內游逸，刑法失去常度，而且喜怒無常。石邃把他認為可呈報之事稟報給石虎，石虎生氣地說：「這種小事，怎麼值得稟報！」有時如果石邃不稟報，石虎又不滿地說：「為什麼不稟報！」于是對石邃譴責斥罵、鞭打杖擊，一月之中多次發生。石邃對此忿恨不已。

石邃有殺父篡位的想法，他私下對中庶子李顏等人說：「天子的心志難以滿足，我想做匈奴冒頓那樣的事情，你們跟我幹嗎？」李顏等人伏地不敢回答。李顏出去後告訴石宣，石宣便向朝廷上奏說石邃想要殺父篡位，石邃知道後忿恨不已。337年，石邃稱病不理政事，秘密帶領宮內大臣、文武官員五百多人騎馬到李顏的別宅飲酒，趁機對李顏等人說：「我想到冀州殺死河間公石宣，有膽敢不跟從的斬首！」出行數里後遇見石宣的騎兵，眾人都四下逃散。石邃打算襲擊石宣的騎兵，李顏跪地叩頭，極力諫止，石邃也就昏昏欲醉地返回。石邃的母親鄭櫻桃聽說此事，私下派遣身邊的人責問石邃，石邃一怒之下殺了母親派來的人。僧人佛圖澄對石虎說：「陛下不宜經常去東宮。」石虎本來準備探視石邃的病情，想到佛圖澄的話，便返回宮中。接著瞪大眼睛高聲說：「我是天下人的君主，父子都不能互相信任嗎！」于是讓自己所親近信任的女尚書前往察看。石邃喊她近前談話，乘勢拔劍刺擊。石虎發怒，拘捕李顏等人詰問。李顏原原本本述說事情原委，石虎便殺死李顏等三十多人，把石邃幽禁在東宮，不久又聽從鄭櫻桃的建議赦免其罪，在太武東堂召見他。石邃朝見時不謝罪，頃刻便離去。石虎讓人對他說：「太子應召朝見皇后，怎麼可以急速離開！」石邃頭也不回，徑直出宮。石虎勃然大怒，廢黜石邃為庶人。當夜，石宣便以石虎的名義帶兵肅清東宮，殺死石邃和他的妃子張氏，以及宦官宮女二十六人，合葬在一口棺材之中。並殺掉石邃的宮臣中的同黨二百多人。