洪武年間，金純中國子監監生，因吏部尚書杜澤薦，授吏部文選司郎中。洪武三十一年（1398年），出為江西布政司右參政。明成祖即位後，因蹇義薦，召為刑部右侍郎。當時參與負責營造北京順天府。永樂七年，跟從朱棣抵達北京，次年跟從明成祖北征，升刑部左侍郎。

永樂九年，朱棣命其與宋禮同治會通河，又會同徐亨、蔣廷瓚修黃河河道。從此京杭大運河再次聯通。永樂十四年，改為禮部左侍郎。兩月後，晉升為禮部尚書。永樂十五年，跟從巡北京。永樂十九年，會同給事中葛紹祖任四川巡撫。明仁宗即位後，改為工部尚書。幾月後，改為刑部尚書。次年，兼任太子賓客。宣德三年（1428年），患病，明宣宗命太醫治療。不久，免除其入朝參加，而使醫生照顧。當時，刑部囤積大量案件，而金純卻與朝廷官員喝酒，被御史彈劾。明宣宗怒，命下錦衣獄。後念金純為老臣，釋放，罷免太子賓客一職。八月予致仕離去。正統五年去世，追贈山陽伯。