因為父蔭擔任太子舍人，以患病推辭不就，漢順帝永建年間，被公卿推薦，被朝廷徵辟。李固非常仰慕他，在書信中說:「嶢嶢者易缺，皦皦者易污。陽春之曲，和者必寡，盛名之下，其實難副。」，在職期間，重用清議之士，如范滂、袁忠等日後遭到黨錮之禍的名士。黃瓊到京師洛陽，歷任議郎、尚書令。151年以太常任司空，152年因地震免為太僕，153年任司徒，154年任太尉。158年因日食免為大司農。159年，漢桓帝除梁冀，因黃瓊不附梁冀，再任太尉，封邟鄉侯。161年再任司空。臨終上書抑制宦官，謚號忠。一女嫁劉焉。其孫黃琬。