丘仲孚年少好學，從祖父丘靈鞠認為他是人才，經常稱他為千里馬。南齊永明初年他獲選為國子生，察舉高第，但未獲任官就回到家鄉。他家中貧窮，無法自給自足，就聚集盜賊，為他們計畫劫掠三吳。丘仲孚聰明有謀略，盜賊們都畏懼服從他之。太守徐嗣徵召他補任主簿，歷官揚州從事、太學博士、于湖縣令，有能力名聲。當地太守呂文顯當時獲得君主寵信，欺侮詆毀屬下縣份，只有他不屈服，因父喪辭官。齊明帝繼位，丘仲孚得起用為烈武將軍、曲阿縣令，其時會稽太守王敬則舉兵造反，趁朝廷沒有防備，令造反的事剛傳到朝廷，王敬則的前鋒已到達曲阿。丘仲孚對地方吏民說：「賊軍雖然精銳地乘勝追擊，但他們其實是烏合之眾，容易離散。現在若果收起船艦，鑿開長崗埭，讓洪水阻擋他們的路徑，留下數天，官軍一定來到，則大事會成功了。」王敬則軍隊來到，正值河流乾涸，果然停留不能前進，最終敗亡。朝廷以丘仲孚拒守有功，遷職山陰縣令，任內得到讚許，百姓為他作下歌謠：「二傅沈劉，不如一丘。」說明之前傅琰、傅翽父子、沈憲、劉玄明相繼擔任山陰縣令，都有政績，但丘仲孚政績超過他們。

南齊末年政治混亂，丘仲孚貪贓納賄被告發，將被收入監牢，不過他逃脫，前往京師，適逢朝廷大赦，因此不被治罪；梁武帝建立南梁，他復任山陰令。丘仲孚擅長處理政務，應付變化，得到吏民敬佩順服，治理號稱天下第一。之後他獲超遷車騎長史、長沙內史，不滿一年又徵任為尚書右丞，遷轉為尚書左丞，擢任衛尉卿，獲得恩遇。當初朝廷建造神龍闕、仁虎闕，任命他領任將作大匠，事成後外任安西長史、南郡太守，改任雲麾長史、江夏太守，代行郢州州府事，母親逝世時改為代理官職。後來丘仲孚因事被連坐除名，不久再次起用為司空參軍，很快遷為豫章內史，在郡內保持節操，很快去世，虛歲四十八。朝廷追贈給事黃門侍郎，他的喪事舉行時，豫章軍內的老少都號哭送葬，車輪沒法前進。他擔任尚書左丞期間撰寫《皇典》二十卷、《南宮故事》百卷和《尚書具事雜儀》，都流傳下來。

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