生於明崇禎二年（1629年），受父親黃居中影響，嗜書成癖，16歲進縣學，與丁雄飛有往來。1667年撰寫〈賴古堂印譜序〉一文，康熙十八年（1684年）參與編修《明史》，康熙二十九年又隨徐乾學往太湖包山書局編纂《大清一統志》。

黃虞稷及其父兩代共藏書八萬卷，書房名「千頃齋」，「常與江左諸名士約為經史會，以資瀏覽，借閱者無虛日」，錢謙益編纂《列朝詩集》，曾向黃氏借書。其書籍多用「黃虞稷印」、「俞邰」。康熙三十年（1691年）七月，歸江寧，五日後卒，享壽六十三歲。著有《千頃堂書目》32卷，《我貴軒集》、《建初集》、《朝爽閣集》、《蟬巢集》、《史傳紀年》等。

虞稷的故居在安海鎮朝天境。