早年為諸生，後因襲一等子，按例不得與試，後授三等侍衛，擢二等，文武雙才，為人伉爽有奇氣，敬慕孫白谷的為人，喜歡與朝野賢士遊玩。光緒二十年，日本入侵朝鮮，朝廷商議出師，馬鍾祺上書自請，遂跟從戎軍奉天。盛京將軍依克唐阿器重他，並使其統鎮邊馬隊。之後日本朝鮮和談，後歸鄉。光緒二十五年，李秉衡奉旨巡視長江，親訪於家，疏請從行。當時義和團亂紛起，李秉衡死難，馬鍾祺護送歸喪。三天後，京師被破，馬鍾祺上吊自盡。其著有五倫大義、馬氏日記等。