艾元徵於順治三年（1646年）中式丙戌科三甲第二名進士。選庶吉士，散館授弘文院檢討。順治十五年，升任禮部右侍郎。順治十五年，兼任東閣學士、次年任殿試讀卷官。順治十六年，任武會試讀卷官。順治十六年，任教習庶吉士。順治十八年，任內國史院學士 。康熙二年，任戶部右侍郎。康熙四年，任戶部左侍郎。康熙九年，任吏部右侍郎，後任吏部左侍郎，後改都察院左都御史。康熙十一年，官至刑部尚書。