生平

其父袁耀東為鄉下塾師。甲三幼年即與兄袁樹三兩人苦讀八股文，道光十五年（1835年）進士，授禮部主事，充軍機章京，累遷郎中。道光三十年，遷御史。咸豐三年（1853年），遷兵科給事中。同年，赴安徽幫辦團練，受漕運總督周天爵重用，不久，周天爵病死行軍途中之王市集，甲三代領其軍，四年二月，入據臨淮。次年擢左副都御史。和春、福濟參劾袁甲三瀆職，「擅裁餉銀，冒銷肥己」，朝廷命甲三解職回京。五年，袁甲三回京，呈訴和春、福濟為誣告，朝廷令兩江總督怡良秉公查辦，袁甲三被申飭一事得到平反。咸豐六年（1856年）隨河南巡撫英桂攻捻軍，直攻到捻軍的大本營雄河集，生俘捻首蘇天福，捻軍屍骸枕藉，僅張洛行一人逃脫。以功授太僕寺卿。勝保回籍丁憂時，袁甲三被升任欽差大臣，督辦安徽軍務。咸豐九年（1859）二月，為勝保所劾，入京師供職。不久授漕運總督、欽差大臣。英法聯軍攻陷北京，袁甲三請求北上保衛京畿，朝廷沒有批准。咸豐十一年（1861年）敗捻軍張樂行部。

咸豐十一年（1861年），翁同書招撫苗沛霖降清，是年十月底苗沛霖攻破壽州城，殺孫家泰全家。同治元年正月，曾國藩奏請將翁同書革職，袁甲三亦受牽連，加以身患重症，全身麻痺，遂告假回籍，請李續宜代為欽差大臣。晚年居陳州（今淮陽縣）養病。同治二年（1863年）六月二十四日卒，諡端敏。著作有《袁端敏公奏議》。