生平

初期

嘉靖時為司禮秉筆太監提督東廠兼管御馬監。當時司禮監缺一名掌印太監，按資歷應由馮保升任，但明穆宗不喜歡他。首輔高拱遂推薦御用監的陳洪為司禮監掌印太監。等到陳洪罷職，又推薦掌管尚膳監的孟衝補缺。按照規定，孟衝是沒有資格主掌司禮監的，馮保因此而痛恨高拱。隆慶六年，穆宗駕崩，馮保受帝託孤，「閣臣與司禮監同受顧命」，與內閣首輔高拱、次輔張居正、高儀同為明神宗顧命大臣。

掌權

隆慶六年六月二十五日朱翊鈞（即明神宗萬曆帝）繼位皇帝，年僅十歲，馮保進一步受到重用，取代孟衝任職司禮監掌印太監，仍主管東廠，在明神宗的登基儀式上，馮保始終站立在御座旁邊，滿朝文武大為震驚，並且心生不滿。高拱見馮保的權力越來越大，心裡無法容忍，授意內閣閣臣提出「還政于內閣」的口號，組織一批大臣上書彈劾他。馮保與高拱的關係惡劣，遂抓住高拱曾在穆宗駕崩後說「十歲太子如何治天下」的把柄，於是與張居正聯手除掉高拱，並向孝安皇后和孝定太后告狀，高拱因此被革職回家閒住，罷官歸鄉，寫了《病榻遺言》四卷說明此事。支持高拱的一批大臣也被查辦。馮保與張居正協理孝定太后負責神宗的教育。神宗稱呼馮保為「大伴」，懼他三分。

王大臣案

萬曆元年正月十九日，神宗清晨出宮視朝，被一名叫王大臣的男子衝撞。皇帝侍衛將王大臣擒獲後，從他身上搜出刀劍各一把，隨後由皇帝下旨，押送東廠審問。

馮保藉機構陷高拱，暗地裡囑咐王大臣，要他假認是高拱所指使。一時之間，謀刺皇帝的謠言迅速傳開，朝廷各科道官員人人自危，不敢貿然上疏替高拱辯冤。而都察院左都御史葛守禮、吏部尚書楊博則挺身而出，堅決要求將王大臣案由刑部、都察院與東廠共同審理。張居正迫于壓力，只好上疏神宗下旨讓馮保會同左都御史葛守禮，錦衣衛左都督朱希孝會審。高拱因此被洗刷了冤情，王大臣則被處以死刑。

王大臣一案使得馮保惹怒了朝中眾多大臣，大家都對他誣陷高拱的險惡行徑嗤之以鼻。而張居正卻因此牢牢地坐穩了首輔大位。

權力巔峰

張居正成為首輔，在取得太后、皇帝的支持，和內相馮保的配合下，親政多年。有一次，張居正向年幼的神宗進獻白蓮和雙白燕，被馮保以「主上沖年，不可以異物啓玩好」為由拒絕，由此可見馮保較識大體。

萬曆四年（1576年）五月，馮保會同三法司進行全國「大熱審」，平反昭雪了許多冤獄。

馮保貪財好貨，史載張居正先後送給馮保名琴七張、夜明珠九顆、珍珠簾五副、金三萬兩、銀二十萬兩。馮保花費巨款，給自己建造了生壙（墓地），張居正寫了《司禮監秉筆太監馮公預作壽藏記》，對他歌頌不已。馮保寫得一手好字，萬曆六年（1578年），在《清明上河圖》後面題跋，稱自己是「欽差總督東廠官校辦事兼掌御用幹事司禮監太監」。馮保有很高的文化修養，在司禮監任上刻了許多書，如《啟蒙集》、《四書》、《書經》、《通鑑直解》、《帝鑒圖說》、《經書音釋》等，直至崇禎年間，還在宮中流傳。他的書法頗佳，通樂理、擅彈琴，並造了不少琴，「世人咸寶愛之」（《酌中志·卷五》）。

神宗曾賜象牙圖章予馮保，內刻有「光明正大」、「爾惟鹽梅」、「汝作舟楫」、「魚水相逢」、「風雲際會」字樣，更「直以宰相待之」（《萬曆野獲編補遺》卷一）。後來，馮保更加驕橫，即使神宗有所賞罰，馮保不開口，誰也不敢執行。

轉折

神宗在十八歲的時候，曾經因為醉酒拔劍要殺人，馮保向太后告狀，太后憤怒之餘，差點廢掉帝位，太后命張居正上疏切諫，並替皇帝起草「罪己詔」，又在慈寧宮罰跪六個小時，為此皇帝懷恨在心。

失勢

萬曆十年（1582年），張居正積勞成疾，死於首輔任上，臨終奏疏，推薦他的主考官潘晟進入內閣，馮保派人把他召來。然而御史雷士楨、王國、給事中王繼光卻相繼說不可任用，潘晟便中途上疏推辭。內閣新任首輔張四維估計申時行不肯處在潘晟的下面，就起草意見答應此事，神宗立即回答可以。馮保當時生病，辱罵道：「我小病，就沒有我嗎？」

明光宗出生時，馮保想晉封伯爵，張四維用沒有先例來責難他，計劃給他的弟侄一個做都督僉事的官職。馮保發怒說：「你靠誰得到今日，卻背叛我！」御史郭惟賢請求召用吳中行等人，馮保責備他同侈相庇護，把他貶謫。

是年十二月壬辰（初八日）江西道御史李植上疏彈劾馮保十二大罪狀，重點在徐爵與馮保挾詐犯法。其它罪狀有：永寧公主選婚，馮保接受梁國柱萬金賄賂，明知其子短壽且確實有病，卻曲意庇護。結果成婚之時，梁「鼻血雙下，沾濕袍袂」，大婚後一個月，竟一命嗚呼，致使公主幾年後亦鬱郁病死。二十四宦官中已去世的，凡是錢財多者，馮保都封鎖其房屋，搜尋家資一空。只撿其尋常之物獻給皇上，而把金珠重寶據有已有。

馮保的宅第店房遍布京中，不可勝數。他在北山口造了墳地。花園的壯麗，可與西苑（明世宗曾長期居住並辦公的地方）比美。而蓋在原籍的房子有五千多間，連郡跨縣，無論規模還是華美程度，都跟王居不相上下。

此時孝定太后還政給神宗已經很久。馮保失去了依靠，神宗又對馮保積了很多怒氣。東宮老太監張鯨、張誠趁機陳述馮保的過錯和罪惡，請求皇帝打發馮保去閒住。神宗還是害怕他，說：「如果大伴走上殿來，我如何辦？」張鯨說：「既然有了聖旨，哪敢再進宮殿！」神宗就聽從了張鯨的話於十二月批示：「馮保欺君蠹國，罪惡深重，本當顯戮。念係皇考付託，效勞日久，故從寬著降奉御，發南京新房閒住。」萬曆開始查抄馮保家產，發配南京孝陵種菜，這時候，山東道監察御史江東之、陝西道道御史揚四知等紛紛彈劾馮保與張居正同流合污，多圖不軌，導致張居正「禍發身後」。萬曆十一年（1583年）一月，馮保病逝于南京。馮保的弟弟馮佑、侄子馮邦寧削職後死于獄中。