父親元寶早亡，他當時九歲，侍奉母親，非常孝順。北周封隆城縣侯、儀隴縣侯，授儀同三司。隋文帝建立隋朝後，元壽參與對南陳的征伐，尚書主爵侍郎。晉王楊廣出征，元壽為行台左丞，兼領元帥府屬。南陳滅亡，元壽為尚書左丞。開府蕭摩訶讓兒子去江南重收快死的妻子的家產，御史也不彈劾。元壽將御史韓微之、劉行本和蕭摩訶一起彈劾。

後元壽改任太常少卿、基州刺史、太府少卿。進位開府。隋煬帝繼位，漢王楊諒舉兵反，左僕射楊素為行軍元帥，元壽為長史。身先士卒，平定後以功勞授大將軍，遷太府卿。608年，拜內史令，從隋煬帝西討吐谷渾。元壽率軍屯駐金山，東西連營三百餘里，圍困吐谷渾可汗伏允。還軍，拜元壽右光祿大夫。611年，兼左翊衛將軍，從征遼東高句麗，612年正月甲辰，元壽行至涿郡，得病去世，時年六十三。隋煬帝哀悼惋惜。贈尚書右僕射、光祿大夫，謚號景。

其子元敏為守內史舍人，宇文化及之反，元敏參與謀劃，授內史侍郎，為沈光所殺。