尹翁歸幼年喪親，和叔父同住。開始作為獄吏，明法律，喜歡擊劍，他人不能相當。當時，大將軍霍光掌權，霍氏家族在霍光故鄉平陽街市不法，市吏不能禁止，尹翁歸為市吏，霍氏家族不敢侵犯。廉潔不受禮物，商人都敬畏他。

尹翁歸辭吏回家，田延年擔任河東太守，親自召見故吏五六十人，善文者居東，善武者居西站立。尹翁歸自己跪著不肯起，說：「翁歸文武兼備，不知站在哪邊。」周圍的人都認為他傲岸不遜，田延年於是看重尹翁歸，任用為卒史，後來轉任督郵。尹翁歸監察得當，後昇進縣尉，歷任郡中丞、尉，官至弘農都尉。

朝廷徵召任命尹翁歸為東海太守，尹翁歸拜辭廷尉于定國。于定國故鄉是東海郡，想把同鄉兩個後輩託付給尹翁歸，就讓這兩人坐在後堂等著出來見尹翁歸。于定國跟尹翁歸談論了一天，始終不敢讓那兩個同鄉出來。尹翁歸離開之後，于定國對同鄉說：「他是一個好郡守，你們沒有能力在他手下任職，他是不能用私情去請求的。」

尹翁歸明察東海郡吏民良惡和犯罪行為。以一警百，吏民皆服。東海大豪強郯縣許仲孫為姦猾，尹翁歸誅殺許仲孫棄市。東海郡大治。

因為尹翁歸治績優秀，元康元年（前65年）改任右扶風。尹翁歸在右扶風待平民以寬，待豪族以嚴，右扶風大治。

尹翁歸為政治雖然好用刑罰，但為官清廉，溫和不驕慢，在朝廷有賢名。元康四年（前62年）在任上去世。家無余財，漢宣帝下詔褒揚，賜尹翁歸子黃金一百斤。

尹翁歸子3人任太守，其中尹岑官至九卿、後將軍。

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