生平

景泰、天順朝

原籍禹州，後落籍虞城，文武全才。馬文升相貌奇異，很有氣力。七歲開始讀書，了解大義。年滿二十歲時，鄉試中舉。景泰二年（1451年），考中進士，吏部尚書王直對他的才能感到詫異，授任御史。歷任山西、湖廣巡按，業績顯著。後返回京師負責各道的奏章。母喪期滿後越級升為福建按察使。

成化朝

成化初年，被召為南京大理寺卿，後因父喪返鄉。成化四年（1469年），固原土達把丹之孫滿四反叛，陝西巡撫陳價被捕受審，朝廷急召馬文升為右副都御史，巡撫陝西，同總督項忠、劉玉等進行圍剿，平定叛亂。按功升為左副都御史，仍巡撫陝西。馬文升多次上奏對國家有益之事，致力于選將練兵，從安邊營到鐵鞭城修築烽火台，剷除強賊。對固原以西不服從命令的少數民族全部消滅。治理茶政，換番馬八千餘匹，以供應軍隊使用。此外，他還救濟鞏昌、臨洮饑民，安撫流民，業績突出。

當時，韃靼孛羅忽、滿都魯、癿加思蘭每年入侵明朝邊境。馬文升請求在韋州駐兵，而在諸堡設下埋伏，在黑水口打敗入侵韃靼人，斬殺二百人，為其嶺取名為「得勝坡」，刻石記功而還。馬文升立了很多軍功，向朝廷上奏報捷卻從不誇張，朝中亦無人為其直言，因此得到賞賜不多。到成化九年（1473年）冬，總制王越因為大捷向朝廷奏報，馬文升也派兒子馬琇報功。廷臣經調查核實馬文升奏報不真實，罰馬文升停發三個月的俸祿。

成化十一年（1475年）春，馬文升代替王越總制三邊軍務，不久任兵部右侍郎。第二年八月，整頓遼東軍務。巡撫陳鉞貪婪凶暴，將士稍有小過總是罰其交納馬匹，由此馬價猛漲。文升上奏安定邊防十五件事，因而請禁止罰馬，陳鉞為此對馬文升懷恨在心。馬文升回到兵部轉左侍郎。成化十四年（1478年）春，陳鉞由于濫殺、冒功引起激變，宦官汪直想自己去平定。明憲宗命令司禮太監懷恩等七人到內閣會同兵部商議。懷恩想派大臣前去安撫，以阻止汪直前往，馬文升立刻答應說。懷恩回複明憲宗，明憲宗即命馬文升前往。汪直不高興，要自己的家臣王英一起去，馬文升謝絕。馬文升疾馳到鎮，宣讀聖諭撫慰眾人，無人不聽安撫。又請求對以前因平定也先之亂失去授官、璽書的十幾人，授以官職。

事情平定後，汪直想奪其功勞，向明憲宗請求後帶王英馳至開原，再下令招撫。馬文升就把功勞歸于汪直，然而汪直內心有愧。馬文升又與汪直行對等之禮，視其左右為奴，汪直更加不高興。而陳鉞更加巴結汪直，得到汪直歡心，日夜誣陷馬文升，意欲打擊中傷馬文升而找不到機會發作。馬文升回朝，賜牛羊豬三牲。第二年春，因為遼東屢次失事，明憲宗派汪直同定西侯蔣琬、刑部尚書林聰等去巡視。時逢餘子俊彈劾陳鉞，陳鉞懷疑是馬文升的意圖，更加緊排擠馬文升。汪直奏告馬文升行事乖僻，禁止邊民買賣農具，致使邊民叛亂。明憲宗于是將馬文升捕入詔獄，貶去戍守重慶衛。

成化十九年（1483年），汪直倒台，馬文升恢復官職。第二年被起用為左副都御史巡撫遼東。馬文升是第三次到遼東，遼東軍民聽說他要來了都歡欣鼓舞。馬文升來後進一步約束宦官，總兵不得隨意剋扣，人們更加高興。成化二十一年（1485年），馬文升晉職為右都御史，總督漕運。淮安、徐州、和州發生饑荒，馬文升從江南調去十萬石糧食、鹽價銀五萬兩救濟。同年冬，召為兵部尚書。第二年，被李孜省誣陷，調任南京兵部尚書。

弘治朝

明孝宗即位，授馬文升左都御史職，賜大紅織金衣一襲。弘治元年（1488年），馬文升上言道：「憲宗朝，岳鎮、海瀆諸神廟，採用方士的話放置石匣子，周圍環繞符篆，貯存金書道經、金銀錢、寶石以及五穀作為壓邪物，應該銷毀。」意見被接納。他又上言十五件事，經討論全部付諸實施。明孝宗仿古代天子親耕籍田，教坊進獻雜劇。馬文升嚴肅地說：「新任天子應當知道農事的艱難，演戲是什麼意思？」明孝宗立即趕走教坊人員。御史徐瑁、賀霖因沒順從皇帝的旨意被下獄。馬文升說天子初政不宜立即懲罰言官，徐、賀二人被釋放。不久明孝宗命馬文升提督十二團營。第二年，馬文升代餘子俊為兵部尚書，仍督團營。當時明朝持久太平、兵政荒廢鬆弛、西北少數民族時時伺機入侵。馬文升嚴格考查將校，貶退三十餘個貪婪懦弱的軍官，奸人對他十分怨恨，夜間持弓伺其門旁，有的寫謗書射入東長安門內。明孝宗知道後，詔錦衣衛緝捕，給馬文升二十二個騎士，保衛他進出。馬文升請求退休，明孝宗下詔慰留不許。

韃靼小王子率數萬騎兵在大同塞外遊牧，氣勢洶洶。馬文升因病休假，明孝宗派宦官帶太醫去探視，藉此問計。馬文升說小王子被別的部落才打敗不久，沒有什麼作為，請暗地做些防備，而在外則虛張聲勢地威懾之，那麼小王子必定會離去。按計實行，果然如此。馬文升的繼母去世，明孝宗下詔起用他，馬文升兩次上疏推辭，都得不到許可。西北別部野乜克力的首領分別稱為亦刺思王、滿哥王、亦刺因王，他們分別遣使到肅州邊界，請求進貢並且開互市貿易。巡撫許進、總兵劉寧代其請求，馬文升說互市可以，入貢不行，于是拒絕。

吐魯番襲擊並生擒哈密王陝巴，而命令牙蘭據守哈密，稱可汗，入侵沙州，迫使罕東諸部依附。馬文升說牙蘭凶暴乖戾，不給予重創就不知道害怕，宜用漢代陳湯舊例襲斬之。了解到指揮楊翥熟悉番情，召楊翥詢問對付的辦法。楊翥詳細地陳述從罕東到哈密的道路，要求調罕東的三千兵為前鋒，三千漢兵隨後，帶上數日的口糧，從小路兼程急進，則可以獲勝。馬文升大喜，于是向孝宗匯報，明孝宗下詔調罕東、赤斤蒙古、哈密的軍隊，命令副總兵彭清率領，隸屬于巡撫許進前去進討，果然打敗牙蘭。團營士兵不足，馬文升請求從錦衣衛及騰驤四衛中選補。已獲批准，宦官寧瑾從中阻撓。馬文升及兵科蔚春等說詔旨應講信用，意見沒被接納。陝西發生大地震，馬文升說：「這是外寇入侵的徵兆。現在火篩正強橫，而國內民困財竭，將懦兵弱。宜實行仁政來養活人民，研究武備用以鞏固邊防。節省開支，停辦齋醮，消除傳奉冗員，禁止奏求閒地，每天視朝兩次，勤于政務。並且撤回陝西織造內臣，救濟撫恤受災人家。」明孝宗接納他的建議，立即召回內臣。

馬文升在兵部任職十三年，盡心軍務，他多次向上條陳關于屯田、馬政、邊備、守御等應辦的事。只要是對國家有利的，即使並非他本職守，也言無不盡，曾經因為太子朱厚照年已四歲，應該及早進行教育。馬文升請求挑選淳樸嚴謹、老成又熟悉歷史的人，如衛聖、楊地等人，由他們教育扶持太子，對太子言語舉止都要引導。像內廷舉辦的宮宴、鐘鼓司的活動，元宵放花燈、端午划船等遊樂活動都勿讓朱厚照見到。至于佛、老之教，尤其應當摒絕，以防惑亂朱厚照心志。

山東久旱無雨，浙江以及南直隸發生水災，馬文升奏請命有關部門救濟撫恤，操練士卒以備不測。奏言都為明孝宗接納。百姓為賦役所苦，馬文升全面陳述賦役過重的弊害，說：「現在民田收十分之四五的稅，百姓運糧到邊塞一石花費一兩以上的銀子，豐年八九石糧換一兩銀子，像絲綿布帛運到京師的，沿途費用超過所運物的價格，南方通過水路運糧到通州，要花三、四石才能送到一石。中州每年役使五六萬人治理黃河，山東、河南修堵決口不下二十萬人，蘇州府、松江府治水也如此。湖廣建吉、興、岐、雍四王府，江西益、壽二府，山東衡府共計役夫不下百萬，諸王封地供應的役夫也有四十萬。加以湖廣徵討蠻族，山西、陝西邊防，給軍隊供應糧餉的又不知有多少。賦稅重差役繁多，沒有比此時再厲害的了。宜嚴令內外各部門，免去多餘的花費，減少力役，毋擅自攤派。王府的工程應該迅速完工，就可能使困難局面得到緩和。請求崇尚儒學，抑制邪術，以便清靜聖心；節省花費，減少土木營造工程，以培植國家的根本。」明孝宗命將他的奏章下到有關部門詳細討論。馬文升發表議論最多。他在文武百官中年高德劭，明孝宗也十分信任他。從太子太保屢加至少保兼太子太傅（弘治五年官銜為資德大夫正治上卿太子少保兵部尚書奉敕提督京營軍務侍經筵），經常給他賞賜，諸大臣無人能比。

吏部尚書屠滽被罷免，廷議推舉馬文升代替。而御史魏英等說兵部非馬文升不可，明孝宗也這樣認為。就命倪岳任吏部尚書，而加封馬文升少傅來安慰他。倪岳去世，由馬文升代替倪岳任吏部尚書。南京、鳳陽發生大風雨，房屋被毀壞，樹木被風拔起來，馬文升請求明孝宗減食撤樂，修德反省過失，開御前講席，斷絕遊玩和宴飲，停辦非急務之事，停止額外織造，賑濟災民，捕捉盜賊。事後，馬文升又奏陳吏部主管的十件事。明孝宗全都表示讚賞並接納之。文升任一品官滿九年，加封為少師兼太子太師。由于要對將官進行考察，明孝宗特召馬文升及都御史戴珊、史琳到暖閣，告誡大家秉公升降。因為馬文升年老聽力減退，又再次高聲告訴他，命左右攙扶馬文升下台階。起初馬文升為都御史，王恕在吏部，兩人都處事剛直不阿。他們起草的疏一發出，天下傳誦。王恕離開後，聲望都集中于馬文升。到他在吏部任職時，已經八十歲。長鬚修眉，遇事侃侃而論不減當年。

正德朝

弘治十八年（1505年），明孝宗駕崩，馬文升奉遺詔向明武宗請求淘汰傳奉官七百六十三人，武宗下令除留太僕寺卿李綸等十七人外，其餘的全部淘汰。正德元年（1506年），御用監宦官王瑞要求任用新近被淘汰的七人，馬文升不接武宗詔書。給事中安奎探聽到王瑞受賄，彈劾王瑞。王瑞十分懷恨，誣告馬文升違抗聖旨，再下廷議，皆以馬文升之言為是，武宗終究不聽，馬文升因此請求返鄉，未得批准。

這時，朝政已為宦官劉瑾掌控，馬文升年老，終日懷去官之志。時逢兩廣總督職缺，馬文升推舉兵部侍郎熊繡，熊繡不願前往，其同鄉御史何天衢就彈劾馬文升徇私蒙蔽。于是馬文升接連上疏求去獲准，並得賜璽書、馬車，增加月糧和每年役奴。馬文升家居時，無事不去州府。外人談及時事，他亦皺眉不答。家居三年，劉瑾以馬文升與雍泰為朋黨為由，除其官籍。

正德五年（1510年）六月，馬文升去世，終年八十五歲。同年，劉瑾被誅，追複文升官職，特進光祿大夫、太傅，諡端肅。馬文升去世一年，民變領袖趙鐩率軍進入河南，到了鈞州，因為馬文升的家在此地，即舍之而去。進攻泌陽，火燒大學士焦芳宅，用草紮成焦芳像碎裂之，說：「恨不為天下殺此賊！嘉靖初年，加贈馬文升左柱國、太師。

著作

馬文升「為文不事雕琢，若大羹玄酒，自有喜味。聲詩無媟嫚語，皆自忠愛中流出。海內之士，得其篇章者樂誦之」。

有《約齋集》、《奏議》等著作傳世。曾作《西征石城記》、《撫安東夷記》、《鎮克哈密國王記》等。

所撰《撫安東夷記》一卷，詳記建州女真、海西女真各部頭人與遼東都司的貿易往來、納貢請賞、武裝衝突等事，清乾隆四十五年（1780年）禁毀。今尚有明刻本及《清初史料四種》叢書本等傳世。

墓葬

馬文升墓在今河南禹州市朱閣鎮馬墳村西北，原墓園已毀。現為馬氏後人重新修葺。