景德三年（1006年），宋真宗賜他學究出身，大中祥符元年（1008年），宋真宗到泰山封禪。孔聖佑十一歲，參加封禪大典。宋真宗賜給他綠色官服陪位，綴立于京官班後。封禪結束之後，宋真宗在孔聖佑陪同下，到曲阜縣祭祀孔子。于是賞賜孔聖佑祭田一百頃、錢三十萬，帛三百匹、御書一百五十卷。宋真宗崇信道教，大中祥符五年（1012年），改曲阜縣為仙源縣，任命孔聖佑為太常寺奉禮郎，後任大理寺評事。天禧五年（1021年），朝廷任命他以光祿寺丞知仙源縣事，襲封文宣公，為第十二代文宣公。改為贊善大夫。宋仁宗天聖十年（1032年），孔聖佑在太子中允任上去世。享年三十五歲去世，沒有子嗣，他的堂弟孔宗願襲位。

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