宋仁宗慶曆年間李琮中進士。調任寧國軍推官。州倉積穀腐敗，轉運使移州散發于百姓，至秋天償還新谷，李琮認為穀米已經不能吃了，強給百姓，不可行，于是中止。呂公著作為開封府尹，推薦他為知陽武縣，當時役法初行，李琮處劃盡理，旁近百姓相率擊登聞鼓，願視以為則。宋神宗召對，擢升為利州路、江東轉運判官。行部至宣城，調查出假稱逃絕的民田九千戶，宋神宗元豐二年（1079年）以戶部判官出使江、浙，得緡錢百餘萬。進度支判官，不久為轉運副使，改為梓州路轉運副使。巴蜀科稅本來就重，李琮再強使百姓輸稅。宋哲宗元祐元年（1086年）改知吉州。歷知相州、洪州、潞州。紹聖年間，入朝為太府卿，轉戶部侍郎，紹聖四年（1097年）以寶文閣待制知杭州，元符元年（1098年）知永興軍。歷知河南府、瀛州。他長于吏治，所至主張嚴刑拷打，為時論鄙視。七十五歲去世。其子李回，紹興初年參知政事。