安惇由上捨生及第，調任成都府教授。上書討論學制，被召見入對，擢升為監察御史。宋哲宗初政，允許察官上書言事，諫議大夫孫覺請淘汰不能幹的人，詔命劉摯推選，于是罷安惇為利州路轉運判官，歷任夔州路、荊湖北路、江南東路三路。

紹聖初年，安惇被召為國子司業，三次轉任為諫議大夫。章惇、蔡卞製造同文館謗獄，讓蔡京與安惇處理，二人放縱他們的忌恨之心，上言：「司馬光、劉摯、梁燾、呂大防等勾結陳衍之徒，變先帝成法，害怕陛下一旦親政，一定有欺君之罪而被誅殺，于是秘密設計顛覆計劃。于是疏隔兩宮，排斥皇帝親近的內侍，以去陛下心腹；廢顧命大臣，以翦陛下羽翼。釋放先帝所定罪人，收用先帝所放棄的人。目無君主的罪惡，同司馬昭之心；擅權的事跡，超過趙高指鹿為馬。對比追詢究其本末，發現其中的情況，大逆不道，死有餘責。」宋哲宗問：「元祐黨人真的這樣嗎？」安惇、蔡京回答：「真的有這種心思，就是反形未露而已。」宋哲宗于是誅殺陳衍，禁錮劉摯、梁燾子孫。安惇轉任御史中丞。

劉皇后被冊封的時候，百官仗衛在大庭肅立，當天天氣晴朗，安惇巍然站立朝班之中，說道：「今日之事，上當天心，下合人望。」朝士都笑話他奸佞。又審理鄒浩之事，檄告廣東使者鐘正甫在新州攝治，士大夫有的在千里之外被逮捕，接著蹇序辰當初的議論，查閱訴理書牘，遭禍的有七八百人，天下怨恨，有二蔡、二惇的歌謠（蔡京、蔡卞、章惇、安惇）。

宋徽宗非常討厭安惇。鄒浩還朝，安惇說：「鄒浩如果再行任用，恐怕彰顯先帝的過失。」皇帝說：「立後是大事。御史中丞不言，只有鄒浩敢言，為什麼不可再行任用？」安惇害怕于是退下。陳瓘請求說：「陛下想要開正路，選取鄒浩之前的好處，安惇蠱惑聖聽，規勸皇帝放縱私心，如果明示好惡，當以安惇開始。」于是安惇以寶文閣待制知潭州，不久放歸田裡。

蔡京為相，他又擔任工部侍郎、兵部尚書。崇寧二年（1103年），同知樞密院。崇寧三年（1104年）十二月去世，贈特進。

長子安郊，後因為指斥皇帝被誅殺。次子安邦流放涪州，追貶安惇單州團練副使，他的後嗣斷絕。時人以為這是安惇平生多次陷害忠良的報應。