漢哀帝元壽二年（前1年），出生在湖陽的一個豪強之家。新朝末年，馮魴聚眾結寨自保。馮魴與申屠季有私仇，虞都尉滅申屠季族，申屠季投奔馮魴。虞都尉的堂弟虞長卿想要執拿申屠季，但虞長卿懾于馮魴的正氣與威望，只好眼睜睜地看著馮魴將申屠季送回家。建武三年（27年）馮魴歸附漢光武帝，拜官虞縣（今山西省平陸縣）縣令，光武帝西征隗囂，潁川豪族延褒等三千餘人圍攻縣舍，馮魴力斗不支，逃走。光武帝馳赴潁川郡，延褒等皈降請罪，諸縣平定。馮魴沉毅果斷，遷郟縣（今河南省郟縣）縣令，亦有政績。建武十三年（37年）擔任魏郡太守，建武二十七年（51年）取代趙憙為太僕。建武中元元年（56年），代張純為司空（建武二十七年始，司空去「大」字），賜關內侯。漢明帝即位，更封楊邑鄉侯。永平四年（61年），因考核太守鄧融失職免官。二年後複行衛尉事，又任執金吾。為人矜嚴公正，建議多被採用。漢章帝建初三年（78年）以年老多病辭職。元和二年（85年）馮魴去世。