宋仁宗皇祐元年（1049年）中進士，擔任上饒尉、武昌令。舉賢良方正，召試不應。熙寧年間，為編修中書條例，檢正中書戶房事，擔任集賢校理、直舍人院。改任知諫院、知制誥。鄧潤甫與鄧綰、張琥主審鄭俠之獄，深致其文，入罪馮京、王安國、丁諷、王堯臣。後來鄧潤甫被擢升為御史中丞。轉任翰林學士，因有文名，當時的制書，很多靠他的力量。歷任知撫州、杭州、成都府。宋哲宗即位，擢進翰林學士承旨，修撰《神宗實錄》。為母親守制，回任吏部尚書。被梁燾所彈劾，出知亳州。後來又以翰林學士承旨召回京城，為禮部尚書。請補外官，知永興軍（今陝西省西安市）。元祐八年（1093年），召為兵部尚書。宋哲宗親政，鄧潤甫首陳紹述之說，請求宋哲宗效仿父親宋神宗推行新法。紹聖元年（1094年）拜為尚書左丞。不同意章惇貶謫呂大防、劉摯的建議。不久病亡，贈開府儀同三司，謚安惠。