生平
武清侯李偉之女，嫡母或生母王氏。根據其父親李偉行狀，李氏生于嘉靖丙午（1546年）冬十一月。庚戌（1550年）秋，「虜闖近郊畿輔戒嚴」。她隨家人遷居北京，後入裕王府，具體時間無記載。裕王朱載坖即為日後的明穆宗。李偉行狀指李氏最初為裕王妾室，然據《明史》中李氏傳記記載，她初為王府宮人。。
李氏在裕王府和丈夫登基初期的生活細節無記載，僅知在1563年，李氏生裕王第三子朱翊鈞，即明神宗。1565年，生裕王第三女朱堯娥。1566年，丈夫裕王朱載坖即位，是為明穆宗。第二年（1567年3月），李氏生穆宗第四女朱堯媖。同年三月，封為皇貴妃，冊文如下：
隆慶二年（1568年），生次子朱翊鏐，同年，其子朱翊鈞被立為皇太子。1573年，生么女朱堯媛。李氏生下二子三女，為穆宗妻妾之中生育最多之人，但地位在李皇貴妃之上的陳皇后，只生有太和公主，卻早殤，陳皇后因無子多病，長期失寵，僅僅沒有正式被廢而已，與年輕美貌又兒女雙全的李貴妃是無法相比的。僅管如此，李皇貴妃並沒有恃寵而驕，反而對陳皇后恭讓有禮，相處融洽。
1572年，穆宗逝世，其子朱翊鈞即位，上尊號曰慈聖皇太后。本來舊時的制度，天子立，尊皇后為皇太后，如果先皇后不是新任皇帝的生母，則同時尊生母為太后，而給先皇后加上徽號以示區別。而在這時，太監馮保欲討李皇貴妃歡心，跟大學士張居正說起並尊，張居正上議，尊陳皇后為仁聖皇太后，李皇貴妃為慈聖皇太后，從此嫡庶無區別矣，這時李太后才二十八歲。陳太后住在慈慶宮，李太后則住在慈寧宮。張居正又請李太后視皇帝起居，因而太后徙居乾清宮。
由於神宗即位時年紀尚幼，由母親李太后代為處理朝政，而李太后是少有的精明強幹的女人，有識人之明，並沒有野心和權欲，萬曆初期，重用張居正與馮保，綜核名實，幾于富強，太后之力居多。太后父李偉封武清伯。李太后也從不會縱容自己親屬胡作非為，家人嘗有過，命中使出數之，而抵其家人于法。太后對官員頗寬容，御史曹學程曾經得罪萬曆帝，差點被處死，太后得知學程之母甚老，於是幫學程向皇帝求情，才沒被殺，但入獄十年。
明朝的皇帝，只有神宗嗜利，萬曆帝對李太后表示：「年來無恥臣僚，盡貨以獻張、馮二家。」李太后不置可否，也讓皇帝有十足的把握去抄張居正的家。
李太后是個端正嚴謹的女人，教導神宗頗為嚴格。小皇帝犯錯，太后召他長跪，歷數其過，有一次甚至幾乎要將神宗廢位，萬曆六年（1578年），神宗大婚，太后遂返回慈寧宮。六年三月，加尊號曰慈聖宣文皇太后。萬曆十年，加尊號曰慈聖宣文明肅皇太后。萬曆十二年，與陳太后一同謁山陵。同年患眼疾而不愈，陝西漢中府洋縣智果寺僧人智果治療有功，神宗朱翊鈞為表謝意，于十四年頒施藏經678函（6780卷），並賜金命太監會同漢中府知府田禮門，修建藏經樓一座，御書「敕賜智果寺」敕額一面。
萬曆二十九年（1601年），加尊號曰慈聖宣文明肅貞壽端獻皇太后。萬曆三十四年（1606年），加尊號曰慈聖宣文明肅貞壽端獻恭熹皇太后。萬曆四十二年二月初九崩（1614年3月18日），上尊謚曰孝定貞純欽仁端肅弼天祚聖皇太后，合葬昭陵，別祀崇先殿。
國本之爭
明神宗曾經一時意亂情迷而臨幸了李太后的宮女王氏，王氏受孕後，神宗非常後悔。太后召問神宗，神宗起先不承認是他的作為，太后命人取《內起居註》查看，神宗至此方勉強承認，並被迫封王氏為恭妃。當時宮中稱宮女為「都人」，神宗因此稱王氏之子朱常洛為「都人子」，不喜歡常洛。由於李太后出身也是「都人」，太后大怒，罵神宗：「爾亦都人子！」神宗惶恐，跪在地上叩首請罪，不敢起立。
王氏頗不得寵，神宗寵愛的鄭貴妃生子朱常洵，於是神宗有意立朱常洵為太子，鄭貴妃與支持常洛的群臣互相傾軋，是為國本之爭，神宗在大臣逼迫下只好立常洛為太子，常洵為福王，封地洛邑。群臣想要讓福王趕緊到封邑去，避免留在北京，但鄭貴妃不願意，說要留福王在北京，等明年李太后生日的時候，好為李太后祝壽。李太后諷刺地說：「那我兒子潞王是不是也留在北京，等著為我慶生？」鄭貴妃只好打消念頭。
奇聞
有一次李太后患了目疾，女醫師劉氏、彭金花進宮為李太后治病，太后封彭金花為「夫人」。當時，彭金花已經懷孕，宮中規定孕婦絕對不可入宮，避免把外人之子，謊稱為皇帝所生的皇子。彭氏貪戀富貴，為了繼續入宮治療太后而不肯說實話。到了臨產的時候，彭金花產下男嬰，但心虛，當晚就將男嬰扔進溺器中溺斃。宮人們將此事奏告神宗，準備重罰彭氏，但太后憐其辛勞，只是將彭氏發配于禮儀房，並鞭刑三十逐出皇宮，將死嬰遺棄于北安門外。以後凡是女官入宮都要由接生婆和收生婆再三檢驗。此事發生後沒多久李太后就去世了。
根據《明史》記載，崇禎帝曾經將曾祖母李太后的姪孫李國瑞（其兄李文全之孫）收獄斃死。不久，崇禎帝第五子朱慈煥五歲病死，臨終前，說：「九蓮菩薩說，皇帝待外戚不好，將要使每個皇子都年少而亡。」這位九蓮菩薩就是已經去世的崇禎帝曾祖母李太后。因為李太后篤信佛教，在宮中的畫像，都端坐九蓮寶座之上，人稱「九蓮菩薩」。
備註
Empress Xiaoding (1544-1614) was the mother of the Wanli Emperor. She was the nominal Regent of China during the minority of her son from 1572 to 1582. She became known in history under her posthumous name, Xiaoding.